В декабре 1918 г. организовал партизанский отряд, совершил рейды по тылам
колчаковских войск. С марта 1919 г. – командующий Северо-Ачинской партизанской
армией. С апреля того же года – заместитель командующего и начальник штаба
Партизанской армии после объединения его отрядов с силами Кравченко.
Руководитель борьбы на 1-м партизанском (Тасеевском) фронте. Его штаб
находился в селе Тасеево. Вместе с Кравченко наладил агитационную работу среди
населения, выпуская от имени представителей династии Романовых воззвания,
призывающие покончить с "предателем России Колчаком, отдавшим ее иностранцам".
Вместе с Кравченко поднял восстание в лагере австро-венгерских военнопленных и
военном городке белогвардейского запасного полка. Подавление этого выступления
обошлось 167 жертвами, в том числе жизнями 73 белых солдат.
Силы Щетинкина были разбиты Красильниковым, несмотря на отчаянное
сопротивление, в районе Тасеево. Тасеево заранее было подготовлено им к обороне: были сооружены завалы из деревьев, вырыты
вокруг села окопы, подходы к которым были завалены боронами зубьями кверху.
Сосредоточив оставшиеся силы на южном участке кольца Розанова, они нанесли удар
по итальянцам и прорвались, взяв при этом многих из них в плен, раздели и
расстреляли их. Форму присвоили себе и носили.
Участник знаменитого рейда в июне – июле 1919 г. по тылам войск Колчака в
Урянхайский край (Тува) после разгрома Партизанской армии силами белых и
интервентов и всех сопровождавших этот рейд боев. С Кравченко разгромил отряд
енисейских казаков талантливого полковника Бологова у Белоцарска, который до
этого успешно действовал против них, захватив огромные трофеи.
Повесил духовного главу урянхов Хайдыпа за создание карательного
антипартизанского отряда, его приближенных расстрелял. Свел к минимуму
объявленную Колчаком в 1919 г. мобилизацию. В конце 1919 г. успешно действовал
против колчаковцев.
5 - 6 января 1920 г. неудачно пытался уничтожить армию Каппеля под
Красноярском.
С января 1920 г. – начальник Енисейской стрелковой дивизии, заменен в феврале
того же года Кравченко из-за столкновений этого подразделения с другими частями
Красной Армии и внутренней борьбы между эсерами и большевиками. Член
Красноярского губернского исполнительного комитета, заместитель председателя
Ачинского уездного исполнительного комитета, член Ачинского и Минусинского
уездных комитетов РКП (б). Член Чрезвычайного ревтрибунала, судившего бывших
колчаковских министров в мае – июне 1920 г. В августе того же года формировал
части Красной армии для отправки на Южный и Западный фронты, организатор и
командир добровольческого 21-го Сибирского стрелкового полка, участвовавшего в
штурме Перекопа.
Делегат VIII-го Всероссийского съезда Советов. В мае – августе 1921 г. –
начальник экспедиционного отряда Красной Армии в Монголии, действовавшего против
отрядов Унгерна-фон-Штернберга, за ликвидацию их награжден орденом Красного
знамени. Правительство коммунистической Монголии присвоило ему звание "железный
Батыр".
С октября 1922 г. – начальник штаба пограничных войск Сибирского Военного
Округа. С 1926 г. – инструктор Государственной военной охраны Монгольской
Народной Республики, был убит в Улан-Баторе 30 сентября 1927 года.